Uma das maneiras que você pode remover senhas de arquivos pdf no Linux Debian é através do aplicativo Unlockr. Este aplicativo não faz parte dos repositórios oficiais mas você pode instalar de maneira muito simples através do flatpak utilizando o repositório flathub.
Caso o seu sistema não tenha o flatpak instalado, segue os comandos para instalar o flatpak e o repositório flathub:
# apt install flatpak
# flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
Agora basta instalar o aplicativo Unlockr com o seguinte comando:
# flatpak install unlockr
